Für Onlinehändler ist Buchhaltung deutlich komplexer als für den stationären Handel. Statt einer Kasse und einem Kanal kommen Bestellungen aus Shop und mehreren Marktplätzen zusammen, dazu verschiedene Zahlungsanbieter, Marktplatz-Gebühren, Retouren und Gutschriften – und seit Kurzem die E-Rechnungspflicht. Seit dem 1. Januar 2025 muss jedes inländische B2B-Unternehmen E-Rechnungen empfangen und verarbeiten können; die Pflicht zur Ausstellung folgt gestaffelt ab 2027. Wer im E-Commerce verkauft, kommt an einer durchdachten E-Commerce-Buchhaltung also nicht mehr vorbei.
Die Frage ist deshalb zweigeteilt: Welche Buchhaltungssoftware passt zum eigenen Online-Shop – und genauso wichtig, wie kommen die Daten aus allen Verkaufskanälen sauber dort hinein? Dieser Beitrag gibt einen Überblick über die wichtigsten Lösungen für die E-Commerce-Buchhaltung und zeigt, worauf es bei der Integration in ein bestehendes Shop- und Marktplatz-Setup ankommt. Vorab ein Hinweis: Das ersetzt keine steuerliche Beratung – für die konkrete Umsetzung sind Ihr Steuerberater und die Steuerberatung die richtige Adresse.
Warum die E-Commerce-Buchhaltung komplexer ist
Im stationären Handel läuft der Großteil der Umsätze über ein System. Im Onlinehandel verteilt sich derselbe Vorgang auf viele Quellen: Der eigene Shop auf einer der gängigen E-Commerce-Plattformen wie Amazon, eBay, Otto oder Kaufland liefern jeweils eigene Bestell-, Gebühren- und Auszahlungsdaten. Zahlungsanbieter wie PayPal, Klarna oder Stripe bringen weitere Abrechnungslogiken mit. Jeder Marktplatz zieht seine Provisionen anders, und bei grenzüberschreitenden Verkäufen kommen unterschiedliche Steuersätze und das One-Stop-Shop-Verfahren (OSS) hinzu. Diese Komplexität zeigt sich konkret im Alltag: Ein Zahlungsanbieter bündelt etwa mehrere Bestellungen zu einer einzigen Auszahlung, von der bereits Gebühren abgezogen wurden – wer das einem konkreten Verkauf im Webshop wieder eindeutig zuordnen will, sitzt schnell an einem mühsamen Abgleich.
Das eigentliche Problem ist also nicht die Buchführung an sich, sondern die Datenlage davor: Die Informationen, die am Ende sauber verbucht werden müssen, liegen über mehrere Systeme verstreut. Wer hier manuell zusammenträgt, verliert Zeit und produziert Fehler – genau die Fehler, die bei einer Betriebsprüfung teuer werden. Mit jedem zusätzlichen Kanal wächst dieser Abgleichaufwand spürbar – ein Grundproblem des Multi-Channel E-Commerce.
Die E-Rechnungspflicht: Was Online-Händler jetzt wissen müssen
Die E-Rechnungspflicht im inländischen B2B-Bereich ist der Grund, warum das Thema gerade jetzt drängt. Wichtig ist die Unterscheidung zwischen Empfangen und Ausstellen:
- Empfangen: Seit dem 1. Januar 2025 muss jedes inländische B2B-Unternehmen strukturierte E-Rechnungen empfangen und verarbeiten können – unabhängig von der Größe. Für den reinen Empfang genügt zunächst ein E-Mail-Postfach.
- Ausstellen: Die Pflicht zum Versand greift gestaffelt – ab dem 1. Januar 2027 für Unternehmen mit mehr als 800.000 Euro Vorjahresumsatz, ab dem 1. Januar 2028 für alle übrigen.
Entscheidend: Ein klassisches PDF ist keine E-Rechnung. Gemeint ist ein strukturierter Datensatz nach der europäischen Norm EN 16931, in der Praxis die Formate XRechnung und ZUGFeRD. Ausgenommen sind unter anderem Kleinbetragsrechnungen bis 250 Euro und reine B2C-Umsätze, also Rechnungen an Endverbraucher. Auch Kleinunternehmer nach §19 UStG sind von der Ausstellung befreit – empfangen können müssen aber auch sie. Hinzu kommt unabhängig vom Format die Pflicht zur GoBD-konformen Aufbewahrung aller Belege.
Für die meisten Online-Shops heißt das: Selbst wenn Sie überwiegend an Endkunden verkaufen, müssen Sie spätestens für eingehende Lieferantenrechnungen E-Rechnungen verarbeiten können. Und sobald Sie auch im B2B verkaufen, rückt die Ausstellungspflicht näher. Die Details hängen vom Einzelfall ab – hier lohnt der Blick mit dem eigenen Steuerberater. (Quelle zum Zeitplan: IHK / Bundesfinanzministerium.)
Die wichtigsten Buchhaltungslösungen für den Online-Shop
Bei der Software haben sich im DACH-Raum drei Namen etabliert, die unterschiedliche Bedürfnisse abdecken.
Lexware Office (ehemals lexoffice)
Lexware Office ist eine cloudbasierte Lösung, die sich vor allem an Selbstständige, Freiberufler, Start-ups und kleine Unternehmen richtet. Sie deckt Angebote, Rechnungen, das Banking mit Bankkonto-Abgleich, Einnahmen und Ausgaben sowie die Einnahmen-Überschuss-Rechnung ab, lässt sich an die Steuerberatung anbinden und unterstützt den DATEV-Export. Für Einsteiger und kleinere Shops ist sie ein pragmatischer Startpunkt in die laufende Buchführung.
sevDesk
sevDesk zielt in eine ähnliche Richtung, bringt aber für den Handel relevante Extras mit. Das Tool ist offizieller DATEV-Partner und unterstützt das Erstellen, Empfangen und Verarbeiten von E-Rechnungen. Mit einem auf E-Commerce zugeschnittenen Tarif samt Artikelverwaltung, einer REST-API-Schnittstelle und Funktionen bis hin zur Umsatzsteuervoranmeldung eignet es sich besonders für Shops, die ihre Buchhaltung enger an die übrigen Systeme anbinden wollen.
DATEV
DATEV ist weniger das Werkzeug des Händlers als das Rückgrat der Steuerberatung. Wer mit einer Kanzlei zusammenarbeitet, landet früher oder später bei DATEV – und genau deshalb ist die DATEV-Kompatibilität von Lösungen wie Lexware Office oder sevDesk ein wichtiges Auswahlkriterium. Die Daten sollen am Ende reibungslos bei der Steuerberatung ankommen.
Die Wahl hängt damit weniger am einzelnen Funktionshäkchen als an zwei Fragen: Wie viel Buchhaltung wollen Sie selbst erledigen, und wie arbeitet Ihre Steuerberatung? Ein einzelner Vertriebskanal lässt sich mit einem dieser Tools allein gut abbilden. Sobald mehrere Kanäle zusammenkommen, verschiebt sich das eigentliche Problem aber nach vorne – zur Frage der Integration.
Worauf es bei der Integration ankommt
Die beste Buchhaltungssoftware nützt wenig, wenn die Daten aus Shopsystemen und Marktplätzen nur per Copy-and-paste hineinkommen. Entscheidend ist, wie Bestellungen, Rechnungen und Gebühren automatisch und korrekt im Buchhaltungssystem landen. Worauf Sie achten sollten:
- Automatische Rechnungsstellung zu jeder Bestellung, idealerweise auch im Stapel und regelbasiert, statt jede Rechnung von Hand zu erzeugen.
- Korrekte Steuersätze und Nummernkreise, gerade bei grenzüberschreitenden Verkäufen mit unterschiedlichen Sätzen je Land.
- Vollständige Daten je Kanal, inklusive Marktplatz-Gebühren, Zahlungen und Transaktionsdaten, damit nichts manuell ergänzt werden muss.
- E-Rechnungsformate, die der EN-16931-Norm entsprechen, statt reiner PDFs.
- Saubere Weiterleitung an das Buchhaltungssystem oder direkt zur Steuerberatung – ohne Medienbruch.
Der gemeinsame Nenner all dieser Punkte: Es braucht eine Stelle, an der die Bestelldaten aus allen Kanälen zusammenlaufen, bevor sie in die Buchhaltung gehen. Genau diese Lücke zwischen Verkaufskanälen und Buchhaltungssystem ist der Ort, an dem sich Aufwand und Fehler entscheiden.
Base als Mittler zwischen Verkaufskanälen und Buchhaltung
Genau hier setzt Base an. Base bündelt die Bestellungen aus allen angebundenen Kanälen – Shop und Marktplätze – an einer Stelle und erstellt daraus die passenden Verkaufsdokumente. Rechnungen lassen sich einzeln oder gesammelt für viele Bestellungen erzeugen, über automatische Aktionen läuft die Rechnungsstellung sogar vollständig im Hintergrund. Für den grenzüberschreitenden Handel unterstützt Base dabei verschiedene Sprachen, getrennte Nummernkreise und unterschiedliche Steuersätze. Auch Gutschriften und Korrekturen lassen sich so abbilden, statt sie nachträglich von Hand nachzupflegen.
Diese in Base erstellten Rechnungen werden anschließend an das angebundene Buchhaltungssystem weitergeleitet – etwa an Lexware Office. Welche Buchhaltungssysteme und ERPs sich verbinden lassen, findet sich im Integrationsverzeichnis unter „Buchhaltungssysteme / ERPs”. Wichtig zur Einordnung: Base übernimmt nicht die Buchhaltung selbst und ersetzt weder die Buchhaltungssoftware noch die Steuerberatung. Base ist der Mittler – die zentrale Datendrehscheibe, die dafür sorgt, dass aus dem Kanal-Chaos saubere, vollständige Belege für das eigentliche Buchhaltungssystem werden, auf deren Basis dort die Buchungen entstehen.
Sie tragen Bestell- und Rechnungsdaten noch manuell zwischen Kanälen und Buchhaltung zusammen? Base verbindet beide Seiten und leitet Rechnungen automatisch weiter. Sehen Sie sich die Buchhaltungs- und ERP-Integrationen von Base an.
Der praktische Ausgangspunkt dafür ist eine zentrale Auftragsverwaltung, in der alle Bestellungen zusammenlaufen und aus der die Belege entstehen – im Base Auftragsmanager etwa lassen sich Rechnungen direkt aus dem Bestellfluss erzeugen.
Welche Lösung passt zu Ihnen?
Wer als Selbstständige oder kleiner Shop über einen einzigen Kanal verkauft, kommt mit Lexware Office oder sevDesk allein gut zurecht – die Datenmengen sind überschaubar, und die manuelle Pflege hält sich in Grenzen. Ein gutes Signal für den Wechsel ist der Moment, in dem die monatliche Abstimmung spürbar Zeit frisst oder sich Zuordnungsfehler häufen – meist genau dann, wenn ein zweiter oder dritter Kanal dazukommt. Sobald aber mehrere Marktplätze und ein eigener Shop parallel laufen, verschiebt sich die Anforderung: Dann ist nicht mehr die Buchhaltungssoftware der Engpass, sondern die Frage, wie die Daten aus all diesen Kanälen konsistent dort ankommen. In diesem Fall lohnt sich die zwischengeschaltete Ebene, die konsolidiert und weiterleitet.
Und unabhängig von der Shop-Größe gilt: Wenn Sie mit einer Steuerberatung arbeiten, sollte am Ende der Kette ein sauberer Weg zu DATEV stehen. Lösungen wie Lexware Office und sevDesk decken das ab – die Aufgabe von Base ist es, die Verkaufsdaten überhaupt erst vollständig und strukturiert dorthin zu bringen.
Fazit: Die Software ist nur die halbe Antwort
Die Wahl der Buchhaltungssoftware ist wichtig – aber sie entscheidet nicht allein darüber, ob die E-Commerce-Buchhaltung im Onlineshop reibungslos läuft. Mindestens genauso wichtig ist die Integration: Solange Bestellungen, Gebühren und Rechnungen aus Shop und Marktplätzen nicht automatisch und korrekt im Buchhaltungssystem landen, bleibt jede Monatsabrechnung ein manueller Kraftakt. Die E-Rechnungspflicht macht diesen Schritt nur noch dringlicher, weil strukturierte, formatkonforme Belege künftig zur Grundvoraussetzung werden.
Die saubere Trennung lautet deshalb: Die Buchhaltungssoftware und die Steuerberatung übernehmen die Buchhaltung – eine Plattform wie Base sorgt dafür, dass die Daten aus allen Kanälen vollständig, strukturiert und automatisiert dort ankommen. So wird aus verstreuten Verkaufsdaten eine verlässliche Grundlage, auf der Buchhaltung und Steuerberatung aufsetzen können. Entdecken Sie, wie Base sich mit Ihrem Buchhaltungssystem verbindet.